Təbrizin fəth edilməsindən sonra 0000-ci ilə qədərki müddət ərzində bütöv Azərbaycan, Dağıstan ələ keçirildi.[00] Təbrizin fəthifnin ardından Şah İsmayılın ilk aktlarından biri ölkənin əhalisinin böyük bir hissəsinin sünni olmasına baxmayaraq, On iki imamlığı imperiyanın rəsmi dini və ya məzhəbi olaraq elan etmək oldu. Bu elandan sonra əhalini məzhəb dəyişdirməyə sövq etmə prosesi başladıldı və Qafqazın müsəlman əhalisi yavaş-yavaş şiəliyə keçid etməyə başladı.[00][00] Şiəliyə keçidə qarşı ən güclü müqavimət ənənəvi sünni mərkəzi olan Şirvan bölgəsində idi.[e] Onların silahlı müqaviməti qızılbaşlar tərəfindən silah gücüylə yatırıldı.[00] Səfəvilərin şiəliyi rəsmi din etməsindən sonra Persiya və Azərbaycanın türkdilli şairləri ya Misir və Suriyaya (Məmlük hamiliyində yaşamaq üçün), ya da Osmanlı imperiyasına getdilər.[00]

Azərbaycanın cənubunda yaşayan Azərbaycan türklərinin demək olar ki, hamısı Səfəvi imperiyasının hakimiyyəti dövründə şiələşsə də, Azərbaycanın şimalında vəziyyət bundan fərqli idi. Rusiya imperiyasının Azərbaycanın şimalını işğal etdikdən sonra 0000-cu illərdə aparılmış hesablamalara görə buradakı əhalinin təxminən yarısı sünni olmuşdur.[00] Bu nisbət 0000-ci ilin statistikasında da qalmaqda idi. Lakin 0000-cı illərdən etibarən Azərbaycanın şimalındakı sünnilərin sayında azalma hiss edilir. Bu azalma qarşısında isə şiələr üstünlüyü ələ keçirdilər və əhalinin əksəriyyətini təşkil etdilər. Sünnilərin sayındakı azalmanın əsas səbəbi Rusiya-Osmanlı müharibələri və Şimali Qafqazdakı sünnilərin ruslara qarşı qazavatları idi. Buna qədər az-az müşayiət edilən və Osmanlı imperiyasına yönələn Azərbaycan sünnilərin köçü Şimali Qafqazdakı çıxışların amansızlıqla yatırılmasından sonra selə çevrildi.[00]

Beləliklə, həm cənubi, həm də şimali Azərbaycanda şiələrinTam üstünlüyü formalaşdı. Bütöv Azərbaycan torpaqlarının şiəliyə keçidlə tanış olması müasir İran ərazisinin tanış olması ilə təxminən eyni vaxta düşdü. Müasir Azərbaycan İrandan sonra əhali nisbəti etibailə ən çox şiə çoxluğa malik olan ölkədir və bundan başqa ən azından nominal olaraq şiə əhalinin sünnilərə nisbətən çox olan yalnız iki ölkə vardır — İraq və Bəhreyn.[0]

Koroğlu dastanının Səfəvilər dövründə ortaya çıxmış Azərbaycan versiyasında əsasən anti-Osmanlı abu-havası olsa da, Tiflisdə 0000-ci ildə tapılmış əlyazmada Şah II Abbas zalım hökmdar kimi göstərilir. Fərid Ələkbərliyə görə Osmanlının mənfi göstərilməsi XVII əsrin ortalarından etibarən Azərbaycanda Səfəvi hakimiyyətinin və şiə təbliğatının güclənməsi ilə bağlıdır. Səfəvi şahlarını tənqid etmək təhlükəli idi və buna görə də Osmanlı hədəf götürülürdü.[00] Səfəvilər dövründə şiəliyin qəbulu Azərbaycan xalqının formalaşması üçün həlledici amil hesab edilir.[00][00] Digər bir mənbə qeyd edir ki, Cənubi Qafqazda şiəliyinin yayılması buranın türk əhalisinin özünü türk olaraq dərk etməsini zəiflətmişdir.[00]